Раньше мы всегда пользовались файлом system_stm32f4xx.c для настройки тактирования. Мы брали его из clock generation tool (экселевской). Но она умеет генерить этот файл только для процов 40x и 41x, а у более старших процов есть некоторые отличия. В итоге, эти различия были учтены вручную, теперь файл system_stm32f4xx.c для всех процов выставляет максимально возможную частоту.

Используйте дефайны (на весь проект) HSE_VALUE для выставления частоты внешнего кварца и USE_HSE, чтобы вообще его использовать, если вы хотите его использовать.